Nhánh hành chính do Thủ tướng lãnh đạo, là thủ não Nội các do Quốc hội,[5] cơ quan lập pháp, chỉ định. Nội các gồm các Đại thần mà Thủ tướng có thể bổ nhiệm hay cách chức mọi lúc.[4] Tuy Nội các định rõ ràng làm nguồn gốc quyền hành chính, thật tế thì chủ yếu Thủ tướng hành sử. Nội các phụ trách việc hành sử quyền hành trước Quốc hội, nếu Nội các mất tín nhiệm và sự ủng hộ giữ chức của Quốc hội thì có thể bị giải tán toàn bộ bằng nghị quyết bất tín nhiệm.[34]

Nội các tổng lý đại thần

Nội các tổng lý đại thần (内閣総理大臣) do Quốc hội chỉ định, có nhiệm kỳ bốn năm hoặc ít hơn, số nhiệm kỳ không bị giới hạn. Thủ tướng lãnh đạo Nội các, "chỉ huy giám đốc" nhánh hành chính và là thủ não chính phủ cùng tổng tư lệnh Tự vệ đội.[35] Thủ tướng có quyền đệ trình dự luật lên Quốc hội, ký kết luật, tuyên bố tình trạng khẩn cấp và giải tán tùy ý Chúng nghị viện.[36] Ông hay bà chủ trì Nội các và bổ nhiệm hoặc cách chức các Đại thần khác.[4]

Mỗi viện Quốc hội chỉ định Thủ tướng bằng việc bỏ phiếu theo lối hai vòng, theo Hiến pháp nếu hai viện không đồng ý về ứng viên chung thì một ủy ban lưỡng viện có thể thành lập để quyết định vấn đề, cụ thể trong thời gian 10 ngày, không tính ngưng họp.[37] Tuy nhiên, nếu hai viện vẫn bất đồng quan điểm, quyết định của Chúng nghị viện xem như của Quốc hội.[37] Khi được chỉ định, Thủ tướng nhận thư ủy thác và được Thiên hoàng chính thức bổ nhiệm.[6]

Là ứng viên do Quốc hội chỉ định thì phải báo cáo cho Quốc hội khi yêu cầu,[38] Thủ tướng phải là thường dân và thành viên của một trong hai viện Quốc hội.[39]

※ Đến 14 tháng 10 năm 2018

Nội các

Nội các (内閣) bao gồm các Đại thần và Thủ tướng, Đại thần do Thủ tướng bổ nhiệm, theo Luật Nội các thì số lượng thành viên, ngoại trừ Thủ tướng, phải bằng hoặc ít hơn 14, nhưng có thể tăng lên 19 nếu có nhu cầu đặc biệt.[41][42] Điều 68 Hiến pháp quy định rằng mọi thành viên Nội các đều phải là thường dân và đa số phải chọn từ các thành viên mỗi viện Quốc hội.[43] Ngôn ngữ chính xác cho phép Thủ tướng bổ nhiệm thành viên Quốc hội không đắc tuyển.[44] Nội các phải từ chức tập thể trong khi tiếp tục làm nhiệm vụ cho đến khi Thủ tướng mới bổ nhiệm khi có sự kiện sau:

1. Chúng nghị viện thông qua nghị quyết bất tín nhiệm hoặc từ chối nghị quyết tín nhiệm, trừ phi bị giải tán trong mười ngày tiếp theo.
2. Khi chức vị Thủ tướng khuyết hoặc khi Quốc hội triệu tập lần đầu tiên sau cuộc bầu cử Chúng nghị viện.

Lấy tính chính đáng từ Quốc hội, là cơ quan phải phụ trách trước, Nội các hành sử quyền hành theo hai cách, nhưng trong thật tế thì hầu hết do Thủ tướng nắm giữ, trong khi các quyền khác do Thiên hoàng hành sử trên danh nghĩa.[3]

Điều 73 Hiến pháp giao các nhiệm vụ sau cho Nội các, ngoài việc hành chính:

1. Thành thật thi hành pháp luật, tổng lý quốc vụ.
2. Xử lý quan hệ ngoại giao
3. Đế kết hiệp ước, nhưng sẽ xin sự đồng ý trước, hoặc tùy theo tình hình, sự đồng ý sau của Quốc hội.
4. Chưởng lý công chức theo tiêu chuẩn luật định
5. Chuẩn bị ngân sách và nộp Quốc hội
6. Chế định chính lệnh để thi hành điều khoản Hiến pháp và pháp luật, nhưng không thể có hình khoản trừ phi luật cho phép
7. Quyết định đại xá, đặc xá, giảm hình, hoãn hình và phục quyền

Theo Hiến pháp, mọi luật và chính lệnh phải có Đại thần có thẩm quyền ký và Thủ tướng phó thự trước khi Thiên hoàng chính thức ban hành. Thành viên Nội các không thể bị khởi tố mà Thủ tướng không cho phép, nhưng quyền khởi tố không bị giới hạn.[45]

※ Đến 14 tháng 10 năm 2018[46][47]

Cơ quan hành chính

Cơ quan hành chính (行政機関) bao gồm 11 Tỉnh và Phủ nội các, mỗi tỉnh do Đại thần lãnh đạo, chủ yếu là nhà lập pháp cao cấp, do Thủ tướng bổ nhiệm từ các thành viên Quốc hội. Phủ nội các do Thủ tướng chính thức lãnh đạo là cơ quan quản lý công việc thường ngày của Nội các. Tỉnh là phần quan trọng nhất của việc hành sử quyền hành chính; vì ít Đại thần có nhiệm kỳ hơn một năm để nắm giữ cơ quan, hầu hết quyền hành thuộc về giới quan liêu cao cấp.[48]

• Phủ nội các
  • Ủy ban công an quốc gia
    • Sảnh cảnh sát
  • Sảnh người tiêu phí
  • Sảnh tài chính
  • Ủy ban thủ dẫn công chính
  • Ủy ban an toàn thực phẩm
  • Ủy ban bảo hộ tình báo cá nhân
  • Sảnh cung nội

※Quản lý Hoàng thất Nhật.

• Sảnh phục hưng
• Tỉnh tổng vụ
  • Ủy ban phối hợp tố tụng hoàn cảnh
  • Sảnh quản lý hỏa hoạn thảm họa
• Tỉnh pháp vụ
  • Ủy ban kiểm tra công an
  • Ủy ban điều tra công an
  • Sảnh kiểm sát
• Tỉnh ngoại vụ
• Tỉnh tài vụ
  • Sảnh quốc thuế
• Tỉnh khoa học văn bộ
  • Sảnh văn hóa

※Thúc đẩy nghệ thuật và văn hóa, quản lý bản quyền và kinh phí của sự kiện văn hóa về âm nhạc, nhạc kịch, nhảy múa, hội họa, triển lãm và làm phim và cải thiện tiếng Nhật.

• Sảnh thể dục
• Tỉnh lao động hậu sinh
  • Cơ cấu niên kim
  • Ủy ban lao động
• Tỉnh thủy sản nông lâm
  • Sảnh thủy sản
  • Sảnh lâm nghiệp
• Tỉnh sản nghiệp kinh tế
  • Sảnh năng lượng tư nguyên
  • Sảnh xí nghiệp trung tiểu hình
  • Sảnh đặc hứa

※Thi hành pháp luật về chuyên lợi, tân hình thật dụng, thiết kế và thương tiêu.

• Tỉnh giao thông quốc thổ (TGQ)
  • Ủy ban an toàn vận tải
  • Sảnh quan quang
  • Sảnh khí tượng
  • Sảnh bảo an hải thượng
• Tỉnh hoàn cảnh
  • Ủy ban quy chế lực nguyên tử
• Tỉnh phòng vệ
  • Sảnh thái cấu, công nghệ và hậu cần
  • Tự vệ đội (Lục thượng / Hải thượng / Hàng không)

※ Đến 14 tháng 10 năm 2018[49][50]

Viện kiểm tra hội kế (会計検査院) là cơ quan chính phủ độc nhất, độc lập với Quốc hội và Nội các. Viện kiểm kế xem xét chi tiêu chính phủ và nộp báo cáo hằng năm cho Quốc hội. Điều 90 Hiến pháp và Luật viện kiểm tra hội kế năm 1947 trao tính độc lập đáng kể với cả hai cơ quan.[51]